تفاصيل الوثيقة

نوع الوثيقة : رسالة جامعية 
عنوان الوثيقة :
تصنيف ميادين البروتينات البنيوية المبني على نموذج ماركوفي مخفي
Classification of Structural Protein Domain Based on Hidden Markov Model
 
الموضوع : كلية الهندسة 
لغة الوثيقة : العربية 
المستخلص : البروتين مركب عضوي معقّد التركيب ذو وزن جزيئي عالٍ يتكون من أحماض أمينية مرتبطة مع بعضها بواسطة رابطة ببتيدية. الرابطة الببتيدية هي الرابطة التي تكون البروتينات وهي رابطة تساهمية كيميائية تنشىء بين جزئين، عندما تتفاعل مجموعة الكربوكسيل -COOH لأحد الأحماض الأمينية مع مجموعة أمين NH2 لحمض أميني آخر، وينتج عن هذا التفاعل تكون جزيء من الماء H2O ورابطة ببتيدية.في الآونة الاخيرة تم اكتشاف العديد من النطاقات داخل البروتين و نطاق بروتين أو كما يعرف بمجالات البروتين (بالإنجليزية: protein domain ) هو جزء مكتمل من سلسلة بروتين معين ذات تركيب مجسم (في ثلاثة أبعاد) قد تنشأ ، وتكون لها وظيفة حيوية ، ويمكنها البقاء منفصلة عن بقية سلسلة البروتين. تختلف المجالات (النطاقات) في طولها بين 25 حمض أميني إلى 500 حمض أميني يعد نطاق PDZ واحداً من أكثر مناطق مماثلة البروتينات شيوعاً ويلعب دوراً رئيسياً في العديد من الأمراض. اشتق اسم PDZ من الأحرف الأولى لثلاث بروتينات تم التعرف عليها في هذا النطاق وهي: PSD-95 (بروتين مشارك في كثافة ما بعد المشبكي) وDLG (بروتين ذبابة الفاكهة/الأقراص الكبيرة) و ZO-1 (بروتين مشارك في إصلاح النسيج الطلائي). نقطة الطفرات في السلسلة البدائية للحمض الأميني من نطاق PDZ يمكنها أن تغير من وظيفة النطاق بواسطة التأثير فعلى سبيل المثال مصب الفسفرة وهي عملية محورية في بيولوجيا الخلية. يتم تصنيف نطاقات PDZ الى ثلاثة فئات (فئة1- فئة2- فئة3). يعتبر تصنيف هذة النطاقات في المختبر عمل شاقا عمليا ويحتاج الى وقت طويل. لذا كان الهدف من هذه الأطروحة هو ايجاد طريقة لتصنيف هذه النطاقات باستخدام الخوارزميات المناسبة والتي تم استخدامها في بناء نظام تعلم الآلة. الفصل الأول من هذه الأطروحة عبارة عن مقدمة لموضوع الرسالة وطريقة توزيعها وطرحها وأهدافها. فقد تم في هذا الفصل تقديم فكرة مبسطه عن البروتين وتفاعلات الأحماض الأمينية داخل البروتين واثرها على التكوين الوظيفي في الخلية. كما تم شرح نطاقات البروتين ونطاق PDZ والذي بنيت عليه هذه الدراسة. كما تم في هذا الفصل تقديم فكره مبسطة عن نظم تعلم الآلة واهميتها حديثا في ايجاد حللول للمشاكل الاخرى المشابهة. الفصل الثاني من هذه الرسالة يقدم فكرة عامه عن الدراسات السابقة في هذا المجال. فقد تم في هذا الفصل مناقشة الخوارزميات المختلفة والتي تم استخدامها في حل مشاكل مشابهة للمشكلة التي تم طرحها في هذه الرسالة. فعلى سبيل المثال تم مناقشة دراسة سابقة للتنبؤ بالأمراض السراطنية داخل .Naive Bayes الخية عن طريق استخدام خورازميات تسمى في الفصل الثالث من هذه الرسالة تم شرح بشكل مفصل الخوارزمية التي تم استخدامها في هذه الأطروحة لحل مشكلة تصنيف نطاقات PDZ وهي خوارزمية ماركوف المخفي. الفصل الرابع في هذا الفصل تم شرح نموذج الماركوف المخفي والذي تم بنائه لحل المشكلة المطروحة في هذه الرسالة. بعد بناء النموذج تم في هذا الفصل ايضا شرح النتائج التي توصلنا اليها ودقة النموذج في اعطاء نتائج صحيحة لتصنيف نطاقات PDZ كما تم مقارنة دقة النموذج مع النتائج الاخرى في دراسات سابقة. الفصل الخامس والأخير تم استعراض الخلاصة التي حصلنا عليها في هذه الدراسة وتوضيح العنصر المستهدف للتحسين وشرح مبسط لتسلسل العمل الذي تم انهائه في هذه الأطروحة. 
المشرف : د. رامي الحموز 
نوع الرسالة : رسالة ماجستير 
سنة النشر : 1438 هـ
2017 م 
المشرف المشارك : د. عدنان منيش 
تاريخ الاضافة على الموقع : Thursday, August 24, 2017 

الباحثون

اسم الباحث (عربي)اسم الباحث (انجليزي)نوع الباحثالمرتبة العلميةالبريد الالكتروني
طارق أبوشنبAbuShanab, Tarek باحثماجستير 

الملفات

اسم الملفالنوعالوصف
 42745.pdf pdf 

الرجوع إلى صفحة الأبحاث